Водный транспорт России делится на два вида: морской и речной транспорт.

Морской транспорт важен из-за географического положения России. Морские перевозки – одни из самых дешёвых видов транспорта, благодаря огромной грузоподъёмности судов, и относительно прямолинейным трассам их движения. Но этот вид транспорта требует значительных затрат на строительство судов и портов и сильно зависит от природных условий. Морской транспорт имеет сложное хозяйство: флот, порты, судоремонтные заводы. По числу торговых судов российский флот входит в первую пятёрку мира, наряду с Японией, Панамой, Грецией, США. Но средняя степень износа флота составляет более 50 %, и многих видов судов (наливных, грузопассажирских, контейнерных) недостаёт.

Рост морских перевозок зависит не только от флота, но и от числа портов, от их пропускной способности. В России 39 портов разной величины, но относительно крупных портов только 11. Распределение флота и портов между морскими бассейнами, а, следовательно, и роль этих бассейнов в российском морском транспорте неодинаковы.

Первое место в грузообороте принадлежит портам Тихоокеанского бассейна (Восточный, Ванино, Владивосток, Находка), которые снабжают товарами северо-восток страны, осуществляют связи со странами Азии и Австралией. Здесь сосредоточено примерно 25 % российского флота. Главный недостаток данного бассейна – его сильная удалённость от наиболее развитых регионов страны.

На втором месте находится Балтийский бассейн, обеспечивающий связи со странами Европы и Америки. Он имеет исключительно благоприятное географическое положение. Но здесь у России мало портов (Санкт-Петербург, Выборг, Калининград).

Через порты Черноморского бассейна (Новороссийск), в основном, идёт экспорт нефти. С реконструкцией других портов (Туапсе, Анапа, Сочи) увеличится значение этого бассейна и в перевозках других видов грузов. Однако развитие здесь портового хозяйства входит в противоречие с другой важной функцией черноморского побережья – рекреационной.

По морям Северного бассейна проходит Северный морской путь, имеющий огромное значение для жизнеобеспечения районов Крайнего Севера и вывоза на «Большую землю» продукции этих районов. Крупные порты этого бассейна – Архангельск и Мурманск.

Речной транспорт играет важную роль в тех районах, где протекают многоводные реки, а создание сухопутного транспорта требует много средств и времени. Главным образом, это районы зоны Севера. По рекам выгодно перевозить объёмные грузы, не требующие быстрой доставки (лес, нефть, зерно, строительные материалы).

Судоходные речные пути России относятся к разным бассейнам. Основной среди них – Волго-Камский бассейн, к которому тяготеет экономически наиболее развитая часть страны. Это стержень Единой глубоководной системы европейской части России.

Авиационный транспорт является единственным видом транспорта, охватывающим перевозками почти все районы страны. Но из-за дороговизны объём перевозимых им грузов невелик. Самолётами доставляются грузы в труднодоступные районы, перевозят особо ценную или скоропортящуюся продукцию. Главная специализация воздушного транспорта – перевозка пассажиров на дальние расстояния. Основная проблема авиационного транспорта – старый парк самолетов.

Крупнейшие авиаузлы страны находятся в Москве (аэропорты Шереметьево, Домодедово, Внуково), Санкт-Петербурге (Пулково), Екатеринбурге (Кольцово), Новосибирске (Толмачёво), Краснодаре, Сочи, Калининграде, Самаре.